Assemblée élue au suffrage universel direct, le Conseil municipal est mandaté par les citoyens pour prendre les décisions concernant l'administration du territoire de la commune. Le Conseil, installé à l'issue des élections municipales de mars 2008, est composé de 29 membres. 23 sont issus du groupe majoritaire Ensemble Bouaye Avance et 6 sont issus du groupe minoritaire Bouaye Avenir.